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二十一、农林牧渔项目减税或免税规定
对农林牧渔项目实行不同的税收优惠政策，可以更好的体现国家政策的引导作用，突出优惠政策的导向性。粮食、蔬菜、肉类、水果等农产品，关系到国计民生，是维持人们基本生存条件的生活必需品，应当列为税收优惠政策重点鼓励的对象。同时为生产此类产品的服务业也应同样扶持，因此，实施条例中将此类归为免税项目。花卉、饮料和香料作物，以及海水养殖、内陆养殖，一般盈利水平较高，也不是人们基本生活必需品，在优惠力度上应与基本生活需要的农产品等免税有所区别，因此，实行减半征收。
二十二、高新技术企业执行15％优惠税率的规定
与原税收优惠政策相比，新企业所得税法对高新技术企业优惠的主要变化，表现在以下方面：一是扩大高新技术企业的生产经营范围。实施条例将高新技术企业的界定范围，由现行按高新技术产品划分改为按高新技术领域划分，规定产品(服务)应在《国家重点支持的高新技术领域》的范围之内，以解决现行政策执行中产品列举不全、覆盖面偏窄、前瞻性欠缺等问题。二是明确高新技术企业的具体认定标准。实施条例将高新技术企业的认定标准原则化处理，对研究开发费用占销售收入的比例、高新技术产品(服务)收入占企业总收入的比例、科技人员占企业职工总数的比例以及其他条件等具体标准，放在由国务院科技、财政、税务主管部门会同国务院有关部门制订的认定办法中，便于今后根据发展需要适时调整。三是强调核心自主知识产权问题。实施条例最后采用“核心自主知识产权”作为高新技术企业的认定条件之一，相对容易操作，突出技术创新导向。
二十三、非营利组织收入的征免税
实施条例从8 个方面对非营利组织作了具体规定，明确了非营利组织享受税收优惠的条件。从世界各国对非营利组织的税收优惠来看，一般区分营利性收入和非营利性收入给予不同的税收待遇。考虑到按照相关管理规定，我国的非营利组织一般不能从事营利性活动，为规范此类组织的活动，防止从事经营性活动可能带来的税收漏洞，实施条例规定，对非营利组织从事非营利性活动取得的收入给予免税，但从事营利性活动取得的收入则要征税。
二十四、居民企业之间的股息红利收入
原税法规定，内资企业之间的股息红利收入，低税率企业分配给高税率企业要补税率差。鉴于股息红利是税后利润分配形成的，对居民企业之间的股息红利收入免征企业所得税，是国际上消除法律性双重征税的通行做法，新企业所得税法也采取了这一做法。为更好体现税收优惠意图，保证企业投资充分享受到西部大开发、高新技术企业、小型微利企业等实行低税率的好处，实施条例明确不再要求补税率差。
鉴于以股票方式取得且连续持有时间较短(短于12 个月)的投资，并不以股息、红利收入为主要日的，主要是从二级市场获得股票转让收益，而且买卖和变动频繁，税收管理难度大，因此，实施条例将持有上市公司股票的时间短于12 个月的股息红利收入排除在免税范围之外。对来自所有非上市企业，以及持有股份12 个月以上取得的股息红利收入，适用免税政策。
二十五、享受税率20％税收优惠的小型微利企业的具体标准
实施条例采取了按照工业企业和其他企业分类划分小型微利企业的办法，兼顾行业特点和政策的操作管理。在具体标准上，实施条例借鉴国际做法，结合我国国情，把年度应纳税所得额，从业人数、资产总额作为小型微利企业的界定指标。不论工业企业还是其他企业，将年度应纳税所得额确定为30 万元，大大高于现行标准。同时将工业企业的从业人数界定为不超过100人，资产总额不超过3000万元；其他企业从业人数不超过80人，资产总额不超过1000 万元。
二十六、公共基础设施的优惠
重点基础设施投资大，回收期长，关系国计民生，实施条例规定，对企业从事港口码头、机场、铁路、公路、电力、水利等项目投资经营所得，给予三免三减半的优惠。与原来的“两免三减半”相比，减免期限作了适当延长，缓解基础设施建设初期的经营困难。原外资企业所得税法规定以获利年度为企业减免税的起始日，在实践中出现了一些企业用推迟获利年度来避税的问题，税收征管难度大。实施条例规定了从企业取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起计算减免税起始日的新办法，可以兼顾项目投资规模大、建设周期长的情况，较原内资企业从开业之日起计算减免税优惠，更为符合实际，也促使企业缩短建设周期，尽快实现盈利，提高投资效益。
二十七、汇出境外利润的预提税
为解决改革开放初期我国资金不足，吸引外资，原税法规定，对汇出境外的利润暂免征收预提所得税。按照国际通行做法，来源国对汇出境外的利润有优先征税权，一般征收预提所得税，税率多在10％以上，如越南、泰国税率为10 % ，美国、匈牙利、菲律宾、哥伦比亚的税率分别为30％、20％、15％、7％。如果税收协定规定减免的，可以按照协定规定减免，如我国与美国的协定税率为10％、内地与香港的安排为5 % ( 25％以上股权)或10％。新企业所得税法及其实施条例借鉴国际惯例，规定对汇出境外利润减按10 写的税率征收企业所得税，没有给予普遍的免税政策，这样有利于通过双边互惠维护我国税收权益和“走出去”企业的利益。
二十八、对股息、红利和利息、租金、特许权使用费征收预提税
对非居民企业在中国境内未设立机构、场所而取得的股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得，或者是虽设立机构、场所，但取得的上述所得与其机构、场所没有实际联系，按收入全额征收预提所得税，是国际上的通行做法，在我国目前与其他国家签订的税收协定中也遵循了这种国际惯例。由于收入取得在我国境内，但在我国境内没有机构场所，无法确定应纳税所得额，实施条例参照国际通常的做法，规定对此类所得按收入全额作为计税依据，同时规定比企业营业利润适用的所得税税率稍低税率扣缴所得税。
二十九、指定非居民企业应纳税款的代扣代缴义务人
由于外国企业在中国境内从事工程承包和提供劳务业务具有临时性和流动性特点，税收管理难度大，税款易于流失，国际、国内税收征管实践经验表明，采取一些特殊的税收征管措施是必要的，赋予税务机关指定扣缴义务人的权限也是一个行之有效的办法。原《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》也有这方面的规定。为避免税务机关随意指定，特别是要防止其成为地区间争抢税源的手段，实施条例明确规定，税务机关指定非居民企业在中国境内取得工程价款或者劳务费的支付人为扣缴义务人，必须是以下几种特定情形：(一)预计工程作业或者提供劳务期限不足一个纳税年度，且有证据表明不履行纳税义务的；(二)没有办理税务登记或者临时税务登记，且未委托中国境内的代理人履行纳税义务的；(三)未按照规定期限办理企业所得税纳税申报或者预缴申报的。
三十、规定特别纳税调整的意义
新企业所得税法及其实施条例专门规定了特别纳税调整条款，确立了我国企业所得税的反避税制度。这是在总结完善原来转让定价税制和调查实践基础上，借鉴国际反避税立法经验，结合我国税收征管实践基础上作出的具体规定，目的是制约和打击各种避税行为。这是我国首次较为全面的反避税立法。主要考虑：一是税收法律体系建设的需要。我国2001 年修订的《 税收征收管理法》对关联交易的处理做出原则性规定，这些原则性规定远远不能满足企业所得税实体税法的要求，还需要从实体法的角度，对关联交易的税收处理以及其他反避税措施做出规定。新企业所得税法丰富和扩展了征管法的反避税规定，增加了成本分摊协议、提供资料义务、受控外国企业、资本弱化、一般反避税条款以及加收利息等规定，是对反避税的全面规范。二是参照国际通行做法、维护我国税收权益的需要。随着我国对外经济开放度的不断提高，跨国经济往来愈加频繁，如果不加强对反避税的立法和管理，国家税收权益将会受到损害。近年来，各国都非常关注跨国公司避税问题，从完善反避税立法和加强管理两方面采取措施，防止本国税收转移到国外，维护本国税收权益。
三十一、特别纳税调整的主要内容
新企业所得税法及其实施条例规定的特别纳税调整的主要内容，一是明确提出了转让定价的核心原则一“独立交易原则”，增列了成本分摊协议条款，强化了纳税人、关联方和可比企业对转让定价调查的协助义务。这些规定有利于防止跨国集团利用转让定价向国外转移利润，侵蚀我国税墓。二是规定了受控外国企业、资本弱化、一般反避税等相关条款，对反避税制度作了进一步规范。三是赋予了税务机关必要的反避税处置权，规定了加收利息条款。新企业所得税法通过上述反避税措施的安排，建立了比较全面、规范、与国际惯例接轨的企业所得税反避税制度。
三十二、独立交易原则的判断
实施条例规定，独立交易原则是指没有关联关系的交易各方之间按照公平成交价格和营业常规进行业务往来所遵循的原则。在判断关联企业与其关联方之间的业务往来是否符合独立交易原则时，强调将关联交易定价或利润水平与可比情形下没有关联关系的交易定价和利润水平进行比较，如果存在差异，就说明因为关联关系的存在而导致企业没有遵循正常市场交易原则和营业常规，从而违背了独立交易原则。
三十三、关联方的界定
新企业所得税法明确规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，主管税务机关有权按照合理方法调整。实施条例在总结我国对关联方税收管理实践的基础上，借鉴国际上成熟的做法，将有下列情况之一的企业、其他组织或者个人界定为关联方。即(一)在资金、经营、购销等方面存在直接或者间接的控制关系；(二)直接或者间接地同为第三者控制；(三)在利益上具有相关联的其他关系。
三十四、对不符合独立交易原则的合理调整方法
按照新企业所得税法的规定，在判定纳税人的关联交易不符合独立交易原则，减少了应税收入或者所得额之后，税务机关可以运用合理方法进行纳税调整。从国际上通行的转让定价调整方法看，合理方法是指符合独立交易原则的定价原则和方法，实施条例采取国际上通行的做法，规定转让定价具体调整方法包括：( l )可比非受控法；( 2 )再销售价格法；( 3 )成本加成法；( 4 )交易净利润法；( 5 )利润分割法；( 6 )其他符合独立交易原则的方法。
三十五、成本分摊协议
新企业所得税法第四十二条第二款借鉴了国际通行做法，将成本分摊协议引入我国税收立法。成本分摊协议是企业间签订的一种契约性协议，签约各方约定在研发或劳务活动中共摊成本、共担风险，并按照预期收益与成本相配比的原则合理分享收益。企业与其关联方共同开发、受让无形资产，或者共同提供、接受劳务时，应预先在各参与方之间达成协议安排，采用合理方法分摊上述活动发生的成本，即必须遵循独立交易原则：在可比情形下没有关联关系的企业之间共同开发、受让无形资产，或者共同提供、接受劳务所能接受的协议分配方法分摊上述活动发生的成本。
三十六、反避税核定方法
新企业所得税法增加了核定征收条款，规定企业不提供与其关联方之间业务往来资料，或者提供虚假、不完整资料，未能真实反映其关联业务往来情况的，税务机关可以核定其应纳税所得额。这是维护国家税收权益、明确纳税人履行举证责任和解决反避税调查调整日趋复杂、案件旷日持久不能结案等困难的重要规定，这也是世界上许多国家采用的通常做法。
实施条例对税务机关实施特别纳税调整采用的核定应纳税所得额的具体方法作了明确：(一)参照同类或者类似企业的利润率水平核定；(二)按照成本加合理的费用和利润的方法核定；(三)按照关联企业集团整体利润的合理比例核定；(四)按照其他合理方法核定。
三十七、受控外国企业反避税规则
为了防止企业在低税率国家或地区建立受控外国企业，将利润保留在外国企业不或少量分配，逃避国内纳税义务，我国参照国际上一些国家的做法，引入了受控外国公司的反避税措施，从以下三个方面进行了明确。一是明确了构成受控外国企业的控制关系。具体包括：(一)居民企业或者中国居民直接或者间接单一持有外国企业1 .％以上有表决权股份，且由其共同持有该外国企业5 ％以上股份；(二)居民企业，或者居民企业和中国居民持股比例没有达到第(一)项规定的标准，但在股份、资金、经营、购销等方面对该外国企业构成实质控制。二是明确实际税负偏低的判定标准。即实际税负明显低于新企业所得税法第四条第一款规定税率水平，是指低于新企业所得税法第四条第一款规定税率的50％。三是明确中国居民的含义，即是指根据《 中华人民共和国个人所得税法》的规定，其从中国境内、境外取得的所得在中国缴纳个人所得税的个人。
三十八、资本弱化条款
企业投资方式有权益投资和债权投资。由于以下两方面原则，企业往往愿意采用债权投资，相应减少权益投资。首先，由于债务人支付给债权人的利息可以在税前抵扣，而股东获得的收益即股息却不能在税前扣除，选择借债的融资方式比权益的融资方式，从税收的角度来说更具有优势；其次，许多国家对非居民纳税人获得的利息征收的预提所得税税率，通常比对股息征收的企业所得税税率低，采用债权投资比采用股权投资的税收负担低。对于债务人和债权人同属于一个利益集团的跨国公司来说，就有动机通过操纵融资方式，降低集团整体的税收负担。纳税人在为投资经营而筹措资金时，常常刻意设计资金来源结构，加大借入资金比例，扩大债务与权益的比率，人为形成“资本弱化”。因此，许多国家在税法上对关联方之间的债权性投资与权益性投资比例做出限制，防范企业通过操纵各种债务形式的支付手段，增加税前扣除、降低税收负担。
实施条例对债权性投资和权益性投资作了界定，债权性投资及权益性投资的比例和标准由国务院财政、税务主管部门另行规定。
三十九、一般反避税条款
新企业所得税法借鉴了国外立法经验，将一般反避税条款作为兜底的补充性条款，主要目的在于打击和遏制以规避税收为主要目的，其他反避税措施又无法涉及的避税行为。如果对主要目的是为了获取税收利益而并非出于正常商业目的安排不进行制约，势必造成对其他企业的不公平，破坏公平市场环境。一般反避税条款用以弥补特别反避税条款的不足，有利于增强税法的威慑力。面对各种各样新的避税手法，必须要有相应的应对措施。一般反避税条款规定对不具有合理商业目的的安排进行调整，是指税务机关有权对以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的的安排进行调整。不具有合理商业目的的安排通常具有以下特征：一是必须存在一个安排，即人为规划的一个或一系列行动或交易；二是企业必须从该安排中获取“税收利益”，即减少企业的应纳税收入或者所得额；三是企业获取税收利益是其的主要目的。满足以上三个特征，可推断该安排已经构成了避税事实。
四十、特别纳税调整的加收利息
新企业所得税法借鉴国际通行做法，增加对反避税调整补税加收利息的条款，明确规定，税务机关按照特别纳税调整的规定对纳税人做出纳税调整，需要补征税款的，除补征税款外，应当按照国务院的规定加收利息，以此加大企业避税成本，打击各种避税行为，维护国家税收权益。
鉴于反避税调查一般涉及的年份较长，调整补缴税款的性质与其他形式补缴税款有一定的差别，因此，实施条例规定加收利息按照税款所属纳税年度中国人民银行公布的与补税期间同期的人民币贷款基准利率加5 个百分点计算。企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则，或者企业实施其他不具有合理商业目的的安排的，税务机关有权在该业务发生的纳税年度起10 年内，进行纳税调整。
四十一、对原税收优惠实行过渡性措施
新企业所得税法规定，对原税收法律、行政法规规定的低税率和定期减免税、特定地区和西部大开发地区，实行过渡性优惠政策。《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》(国发〔2007〕39号)对企业所得税优惠政策过渡问题作了具体明确：(一)新税法公布前批准设立的企业税收优惠过渡办法。企业按照原税收法律、行政法规和具有行政法规效力文件规定享受的企业所得税优惠政策，按以下办法实施过渡：1 、自2008 年1 月1 日起，原享受低税率优惠政策的企业，在新税法施行后5 年内逐步过渡到法定税率。其中：享受企业所得税15％税率的企业，2008 年按18％税率执行，2009 年按20％税率执行，2010.年按22％税率执行，2011年按24％税率执行，2012 年按25％税率执行；原执行24％税率的企业，2008 年起按25％税率执行。2 、自2008 年1 月1 日起，原享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠的企业，新税法施行后继续按原税收法律、行政法规及相关文件规定的优惠办法及年限享受至期满为止，但因未获利而尚未享受税收优惠的，其优惠期限从2008 年度起计算。3 、享受上述过渡优惠政策的企业，是指2007 年3 月16 日以前经工商等登记管理机关登记设立的企业；实施过渡优惠政策的项目和范围按《实施企业所得税过渡优惠政策表》执行。(二)继续执行西部大开发税收优惠政策。即《财政部、国家税务总局、海关总署关于西部大开发税收优惠政策问题的通知》(财税〔2001〕 202号)中规定的西部大开发企业所得税优惠政策继续执行。(三)实施企业税收过渡优惠政策的其他规定。1 、享受企业所得税过渡优惠政策的企业，应按照新税法和实施条例中有关收入和扣除的规定计算应纳税所得额，并按有关规定计算享受税收优惠。2 、企业所得税过渡优惠政策与新税法及实施条例规定的优惠政策存在交叉的，由企业选择最优惠的政策执行，不得叠加享受，且一经选择，不得改变。
四十二、解决跨地区汇总纳税后地区间税源转移问题
新企业所得税法规定，不具有法人资格的誉业机构应实行法人汇总纳税制度，由此会出现地区间税源转移问题。经请示国务院同意，将按照“统一核算、分级管理、就地预缴、集中清算、财政调库”的原则，合理确定总、分机构所在地区的企业所得税分享比例和办法，妥善解决实施新企业所得税法后引起的税收转移问题，处理好地区间利益分配关系。
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